A játék 2008-ban jelent meg, túl későn ahhoz, hogy a trófeák kerülhessenek bele, így akik akkor szerezték be a programot, azok az Xboxon oly népszerű kis jutalmak feloldása nélkül végezhették ki -- most azonban letölthető egy 516 MB-ot nyomó patch, ami elhozza az áhított trófeákat. Érdemes tehát leporolni a polcon lévő lemezt, telepíteni a tapaszt, és újra nekiesni az öregedő Snake történetének.

A trófeák teljes listája:

Bronz trófeák:
  • Divine Wind - Caused a “divine wind” using the Tanegashima.
  • Drum Can Addict - Knocked an enemy soldier flying using a Drum Can.
  • Emotion Control - Controlled an enemy soldier’s emotions using an Emotive Magazine.
  • Hand Up! - Held an enemy soldier at gunpoint and performed a body check.
  • Hurt Me More! - Shocked an enemy soldier using the Mk. II/III.
  • Overhead View, Just Like Old Times… - Used overhead view on Shadow Moses Island.
  • That Tune Is His Mind Control Music - Played Oishii Two-han Seikatsu and made one of the BB Corps dance.
  • You Enjoy All The Killing, That’s Why - Killed many enemies in one area, and vomited.

Ezüst trófeák:
  • Are You an Otaku, too? - Viewed all model posters.
  • Can You Feel My Power Now!!!? - Took control of an enemy soldier’s body using the Mantis Doll or Sorrow Doll.
  • FaceCamo Addict - Obtained 10 or more types of FaceCamo (excluding types obtained via password).
  • Ghost Photography Addict - Snapped at least 5 shots of ghosts on Shadow Moses Island.
  • I Just Don’t Fear Death - Caused ALERT status while wearing the Corpse Camo.
  • SUNLIGHT! - Obtained the Solar Gun.
  • Where I can See Ya - Located enemy soldiers using the Scanning Plug.
  • You’re Pretty Good - Got kissed by Ocelot during the final battle.

Arany trófeák:
  • Flashback Mania - Viewed all flashbacks.
  • I am THE Expert on Weapons, Equipment and Cutting-Edge Technology - Obtained all weapons (excluding weapons obtained via password).
  • Sounds of the Battlefield - Obtained all iPod tracks (excluding tracks obtained via password).

Platina trófea:
  • The Legendary Hero - Obtained all trophies

Érdemes tudni, hogy visszamenőleg nem kapjuk meg a trófeákat, szépen sorban kell őket megszerezni egy friss játékot kezdve.