Ugyanúgy szerepet kap a programban a kereskedelem, a fejlesztés, a gazdaság és a politika, csak épp a világ, melyben játszódik, egy ponton jelentősen eltér a miénktől: a Clockwork Empires univerzumában a természetfeletti jelenségek elfogadott, létező dolgok, melyek fenekestül felforgathatják a békés telepesek életét. A játék fejlesztőit H.P. Lovecraft művei ihlették, így aztán a mélyésglakóktól, a kultistáktól és a vízi szörnyekről egyaránt rettegnünk kell. A sok horror-elem azonban inkább csak humort kölcsönöz a Clockwork Empiresnek, mintsem elsötétítené azt, szóval nem kell komor alkotásra számítani.