Mivel a Just Cause-sorozat elsősorban az őrült helyzetek kipróbálásáról szólt eddig, ezért a fejlesztők úgy döntöttek, hogy egy hasonlóan őrült sztorit kanyarítanak Rico kalandjai köré. A játékosok amúgy is szerettek volna többet megtudni a keménykötés főhős múltjáról, így a Just Cause 3-ban Medici szigetére látogathatunk el, ahol Rico gyerekkorát töltötte: itt tanult meg ejtőernyőzni, úszni, harcolni, és minden olyan nélkülözhetetlen képességet, amivel ügynökként a szorult helyzetből is képes kivágni magát. Ám aznap éjszaka, mikor Di Ravello tábornok átvette a hatalmat a sziget felett Rico szüleit megölték, ő pedig elmenekült otthonából, hogy csatlakozzon az ügynökséghez. Több év után egy régi barátja, Mario hívására tér vissza Medicire Rico, hogy egymaga forradalmat robbantson ki az elnyomó diktatúra ellen. A helyzetet bonyolítja, hogy Di Ravello mindeközben egy szuperelem segítségével (melyet Rico egy másik barátja talált fel) pusztító fegyvereket gyárt, hogy átvegye az uralmat az egész világ felett.
A Just Cause 3 körülbelül 20-30 küldetést és megannyi különböző kihívást kínál, ám ezek lényegében csak ürügyként szolgálnak arra, hogy felfedezzük micsoda lehetőségeket és szabadságot biztosít számunkra a szabadon bejárható hatalmas világ. Persze miden tettünk befolyásolja majd a sziget sorsát, hiszen az ott élők elsődleges célja, hogy megdöntsék Di Ravello rémuralmát, így ha úgy döntünk például, hogy felrobbantjuk Medici összes rendőrőrsét, akkor biztosak lehetünk benne, akadnak majd a mesterséges intelligencia által irányított segítőink benne. Ugyanakkor Rico számára a személyes kötődés miatt ez most nem csupán a pusztításról szól, így nem árt, ha ezt is szem előtt tartjuk akcióink közben.
