A Prey 2 bejelentését követően sokáig úgy tűnt, hogy a folytatás minden téren eltávolodik az első résztől, hiszen új főszereplőt és egy nyitott, idegen bolygót kaptunk helyszín gyanánt. A Human Head társalapítója, Chris Rhinehart azonban elárulta, hogy mindent azért nem dobtak el, s Tommy, a korábbi főszereplő visszatér.

„Sokszor találkozhatunk majd vele a történt során; nem csak egyszer jelenik meg, hogy aztán többet ne is lássuk. Fontos szerepet játszik a történetben, és abban, ami az Exoduson végbemegy. Ilyen fontos dolgok például Tommy különleges képességei, a spirit walk és a death walk, amik remekül beleillenek a sztoriba.”

Rhinehart elmondása szerint Tommy szereplését azért tartották eddig titokban, hogy a játékosokat meglepetés érje, ám azt az ötletet már elvetették, hogy ismét ő legyen a főszereplő, hiszen új történetet akartak elmesélni a létrehozott univerzumban, új karakterek és helyszínek bevonásával, megtartva persze a szuperindián fontos szerepét.