Az Irrational Games már a BioShockban is bizonyította, hogy nem félnek komolyabb témákat boncolgatni a játékaikban, így szinte már elvárt volt a BioShock: Infinite-től, a víz alatti kaland szellemi folytatásától, hogy ne csak egy felszínes lövölde legyen, hanem legyen valamilyenféle mondanivalója is. A téma ezúttal a vak hazaszeretet, illetve annak kifordult, kicsavarodott véglete, ehhez kapcsolódóan pedig a vallás is előkerült, mégpedig olyan módon, hogy az nem tetszett pár hithű embernek.

A fejlesztést vezető Ken Levine kijelentette, hogy semmit sem fog kivágni a játékból, hogy megkapja a problémázók áldását, de változtatni fog a tartalmon, hogy a felhasználók elégedettek lehessenek. A döntés azután született meg, hogy Levine hosszas beszélgetést folytatott a csapatának azon tagjaival, akik mélyen vallásos neveltetést kaptak, s ők voltak azok, akik rávilágítottak a történet bizonyos problémás részeire.

Persze nem ez az első gond a BioShock: Infinite mondanivalójával, korábban ugyanis azzal vádolták a játékot, hogy politikailag inkorrekt, ugyanis páran azt gondolták, a játékban megjelenő egyes extrém csoportosulások valódi pártokat támadnak, sőt az egyik rasszista portál még azt is kitalálta, hogy az egész program nem több mint egy fehérembergyilkos-szimulátor.