Csakhogy Nilin a játék elején nagy bajba kerül: ismeretlenek kitörlik az emlékezetét, így a zavarodott lánynak úgy kell felvennie a harcot a Memorise nevű, megalomán szupercéggel, hogy azt sem tudja pontosan, kicsoda ő, ki hazudik neki és ki nem, kiben bízhat és kiben nem.

Játékmenet terén a Remember Me egy klasszikus beat 'em' up akciójáték: Nilint irányítva kombók köré épített harcrendszer segítségével kell levernünk az ellenünk nyomuló rosszfiúkat. A verekedést platformer-szakaszok tarkítják, sőt, alkalmanként Nilin memóriaátíró képességét is bevethetjük, hogy az alany agyában turkálva teljesen megváltoztassuk a múltat.