A záróakkord története a Földön kezdődik, ahol Shepard egy tárgyaláson vesz részt, amin az Arrival DLC-ben elkövetett tetteiért kell felelnie, az ülést azonban félbeszakítja a reaperek támadása. A sortűz alá vett bolygóról a parancsnok futva menekül el a Normandy fedélzetén, oldalán Liarával, Ashley-vel/Kaidennel, Garrusszal és James Sandersszel (nem ő az a mesterlövész, akit az első videóban láttunk), majd a legközelebbi szövetséges bolygó felé veszik az irányt, hogy elkezdjék toborozni azt az ütőképes hadsereget, amivel visszaverhetik a repareket.

Utunk során természetesen találkozunk majd a korábbi legénységünk többi tagjával, mint például Wrexszel, Mordinnal, Legionnal és Andersonnal, illetve az Illusive Man is feltűnik majd, ám ezúttal nem kapunk tőle segítséget, hiszen valamilyen, valószínűleg a Collector bázishoz kapcsolódó okból ránk uszította a kutyáit, s a halálunkat akarja, így nem csak versenyt futunk az idővel, de üldözött vadak is vagyunk, amitől csak még izgalmasabb lesz a trilógia végkifejlete, főleg úgy, hogy az útközben meghozott döntéseink kihatással vannak a fináléra.

A játékmenetet ért változások közül a legfontosabb dolog az, hogy a BioWare meghallgatta a rajongókat, és feltuningolta a harmadik részre az RPG-elemeket, kicsit visszalépve az első részben látott fejlődési rendszerhez. Ezúttal több szabadságot kapunk karakterünk képességeinek kifejlesztése során azzal, hogy az erők nem csak egyszer mutálódhatnak (evolve), illetve a fegyvereinket újra teleaggathatjuk mindenféle kiegészítőkkel, melyek módosítják azok tűzerejét vagy pontosságát. Továbbá most már mindegyik kaszt hátrányok nélkül használhatja a fegyvereket, de csak a katona hurcolhat magával mindegyik típusból egyet-egyet.

Az év végén érkező, multiplatform játékról még fontos azt is tudni, hogy a pletykák hamisak voltak, és nem lesz semmilyen multiplayer mód, ám a folytatásokban vagy a mellékszálakban már elképzelhető, hogy lesz ilyen is.



Érdekesség: Abban az esetben, ha nem őriztük volna meg az előző játék mentésfájlját, egy interaktív képregényben meghozhatjuk a fontosabb döntéseket, pont úgy, mint ahogy azt az ME2 PlayStation3-as átiratában tehettük.