Az alaptörténet szerint Shepard parancsnok legújabb feladata, hogy egyesítse a galaxis civilizációit a reaperek ellen, akik eddig már számos földi kolóniát elpusztítottak, és most az anyabolygó felé fordultak teljes erejükkel.
„Lángol a Föld. A világűr ismeretlen részeiről egy félelmetes géphadsereg pusztítani kezdte a földieket. Shepard parancsnokként az egyetlen reményed az emberiség megmentésére, ha a galaxis civilizációival közösen egy végső támadást indítasz a Föld visszafoglalására.„
