A Ubisofttól megtudtuk, hogy az Assassin’s Creed III hajós küldetései egy teljes mellékszálat kitesznek majd, s ellentétben a Assassin's Creed: Revelations furcsa, tower defense szekciójával, itt már nyomós okot kapunk arra, hogy tengerre szálljunk.

A játék során három vagy négy ilyen küldetésben lesz részünk; ezeket a Ubisoft Singapore csapata készítette el. Az első tengeri ütközet során még egy egyszerű hajót kapunk, normál ágyúkkal, de a fejlesztések útján javíthatunk a hajótest strapabíróságán, illetve újfajta ágyúkat is vehetünk: a választékban találunk olyan modellt, ami két golyót összeláncolva lő ki, van, amelyik lángoló töltettel operál, s olyan is, ami apró törmelékekkel szórja meg az ellenséget.

A tengeri csaták fontos elemei lesznek a másik hajóra való átszállás. Ezt a fő Assassin’s Creed III csapat találta ki és valósította meg, ezzel adva egy kis frissességet a hajózásnak.