A sorozat kezdete óta velünk van Desmond Miles, aki kapocsként szolgál az eddig megjelent epizódok közt. A története meglehetősen hosszúra nyúlt, így a Ubisoft azt tervezi, hogy egyszer ezt a szálat is le fogják zári. A fejlesztést vezető Alex Hutchinson a kiadó konferenciáján elmondta: túl sokra kell emlékeznie a rajongónak, ha Desmond történetéről van szó; olyan mintha azt kérnék valakitől, hogy emlékezzen vissza, mit csinált hét évvel ezelőtt.

Hutchinson egyébként az Alkonyzónához és a Star Trek-sorozathoz hasonlítja az Assassin's Creedet, abban az értelemben, hogy mindegyik játékot egy különálló epizódnak tekinti. A korábban lefektetett alapszabályok és fontosabb karakterek természetesen a helyükön vannak, de ezek csak a vázat adják meg, minden más változhat, éppen ezért az Assassin's Creed III szinte egy új játéknak tekinthető. Hutchinson kiemelte, hogy a történet, az időpont, a főszereplő, a helyszín és a játékmechanizmusok mind-mind megváltoztak, gyakorlatilag 90 százalékban egy teljesen új játékról, szinte egy új szellemi tulajdonról beszélünk.