A Mutant Year Zero az XCOM körökre osztott akciórendszerét egyesíti a szabad felfedezéssel, és mivel egy elég komoly lopakodós rendszer is helyet kapott a játékban, mi dönthetjük el, mikor bonyolódunk harcba, és mikor kerüljük el azt. A programnak amúgy három főhőse van: egy kacsa, bizonyos Dux, egy rinocérosz, név szerint Bormin, és egy ember nő, akinek a bőre képes megkövülni.