A sztori szerint főhősünk, Isaac bekattant anyja haragja elől a pincébe menekül, ám ott még nagyobb veszélyek lesnek rá.
A játék rogue-like stílusú, azaz minden egyes játékban a föld alatti labirintusrendszer véletlenszerűen generálódik, ugyanígy a benne elhelyezett kincsek és ellenségek, így nincs két egyforma menet, és soha nem tudhatod, mibe csöppensz a következő helyiségben, a játékmenet és az interfész ugyanakkor a Legend of Zeldára emlékeztet.
A The Binding of Isaac: Rebirth című remake új szörnyeket, tárgyakat, szebb grafikát és jobb animációkat tartalmaz, elhagyva a Flash motort és az egeres iránytást.
