A történet Guybrush Threepwood körül bonyolódik, egy fiatal, naiv, kétbalkezes legény, akinek minden vágya azt, hogy kalóz legyen. Hogy az álma valósággá váljon három próbatételt kell teljesítenie, amelyek során megismerhetjük a Mêlée Island színes karaktereit és legendáit. A fő konfliktusforrást a szellemkalóz, LeChuck visszatérése jelenti, aki ismét megpróbálja elhódítani Elaine Marley szívét, akit hősünk, Guybrush is kiszemelt.