Az XCOM: Enemy Within PC-n beépül, s kvázi lecseréli az alapjátékot, míg konzolon különálló játékként érhető el. A testes kiegészítő az emberek és az idegenek oldalán két-két új egységet mutat be. Fajunk képviselői a Genetikai Labor megépítése után mellkas-, agy-, szem-, bőr- vagy épp lábimplantátumokkal erősíthetik meg katonáikat, a Kibernetikai Labor felhúzásával pedig úgynevezett MEC-eket (Mechanized Exoskeletal Cybersuit) állíthatnak elő -- az ezen öltözékkel felszerelt új egység, a MEC Trooper igazi halálosztó, akinek "külső csontvázát" új fegyverekkel, így lángszóróval és gránátvetővel is fejleszthetjük. Az idegenek egyik új válfaja a mechtoid, amely szintén erős külső "héjjal" bír, így szükség van mérnökeink szakértelmére is.

Szakembereink a Foundryban az új fenyegetésre új fegyverek és felszerelés előállításával válaszolhatnak, ám a friss projektekhez szükséges egy új, idegen eredetű nyersanyag begyűjtése, melynek neve MELD. Ez a terepen véletlenszerűen jelenik meg, s ha nem sietünk, egy bizonyos idő után megsemmisül, emiatt néha félre kell tennünk az óvatoskodást, ami persze új taktikai kihívást jelent. Mindezt ráadásul friss pályákon próbálhatjuk ki, melyekből összesen 47 készült, sőt új multiplayer arénákat is kapunk, ahol szélesebb palettáról összeválogatott csapatunkkal mérhetjük össze erőinket ellenlábasainkkal.

A Firaxis továbbá igazított egy keveset az alapjátékban látottakon is, például a többjátékos módban bevezették az offline csapatszerkesztés lehetőségét, amit sokan kértek, könnyítették a modok készítését, illetve a csapattagjaink az adott származási országuknak megfelelő nyelven szólalnak meg, de csak akkor, ha az illető spanyol, német, olasz, francia vagy lengyel.