1912-t írunk, az amerikai kultúra szárnyalásának, a technológiai fejlődés és a nemes eszmék korában járunk. Mérnökök és tudósok egy csoportja előállt azzal az ötlettel, hogy létrehozzák az ország fejlődésének jelképét, a tökéletes várost. Kolumbia, az alkotásuk azonban egy szörnyű és egyelőre ismeretlen katasztrófát követően a levegőbe röppen és majd egy évtizedig senki sem látja, mígnem egy bizonyos Booker DeWitt -- a játék főszereplője -- egy megbízatást kap...