A Wii U alapjáraton 8 vagy 32 GB-os háttértárral kapható, ami a mai digitális korban kevésnek tűnhet, ám a Nintendo gondoskodott arról, hogy ne legyen helyproblémánk. A konzolhoz flash- vagy egyéb technológiára támaszkodó háttértárat köthetünk USB-n keresztül, mégpedig akár három terabyte-ot.

A Nintendo Amerika vezetője, Reggie Fils-Aime az Engadget stábjának elárulta: a cég direkt döntött így, hiszen nem akarták a konzol árát a folyton váltakozó háttértár-árakhoz igazítani, s inkább egy nyitott megközelítését választottak, ami lehetővé teszi, hogy a felhasználók kedvük szerint bővítsék a gépüket.

Fils-Aime továbbá elmondta azt is, hogy a Wii U csak akkor tudja rögzíteni a tévéadásokat, ha van egy külön hardver erre, vagyis nem tudja átvenni a TiVO vagy a DVR szerepét. A cég azért nem látta el a szükséges elemekkel a konzolt, mivel növekedett volna a vételár.