A sztori szerint 11 évvel a Command and Conquer III: Tiberium Wars eseményei után járunk, és a scrin faj vereséget szenvedett. A főhősünk a GDI parancsnok, Ricardo Vega lesz, akit egy elhagyott scrin bázisra küldenek, hogy megvizsgálja, mi folyik ott.
A Tiberiumból természetesen nem maradhat ki a manapság oly népszerű fedezékrendszer, és az újratöltődő életcsík sem. Érdekes módon csupán egy fegyverrel fogunk harcolni, ami a GD-10 nevet kapta. Ennek a fegyvernek négyféle tüzelési módja lesz, a szokásos sorozatlövés, a mesterlövész, a gránátvető és a rakétakilövő mód. Mindegyik módnak lesz valamilyen különleges tulajdonsága is, például, ha a gránátvetővel lövünk, és nyomva tartjuk a tűzgombot, egy gravitációs löketet aktiválunk, amivel a gránát helyét tudjuk megváltoztatni, miután az földet ért. Továbbá aranyos kis funkció, hogy a fegyver felett egy pici hologram mutatja majd, mennyi töltényünk maradt.