Az XCOM: Chimera Squad története az XCOM 2 cselekménye után veszi fel a fonalat, középpontjában pedig a City 31 néven emlegetett város speciális kommandós alakulata áll, amiben emberek és idegenek is szolgálnak vegyesen. A játékos feladata ennek az alakulatnak a bevetéseit levezényelni az XCOM játékoktól megszokott körökre osztott harcrendszerben, kihasználva a számtalan új kütyü, fegyver és képesség nyújtotta taktikai mélységet és a Breach mód jelentette kezdeti előnyt.