Természetesen a nagy rohanás mellett a történet egyáltalán nem szorult a háttérbe, sőt az eddigieknél még nagyobb szerepet is játszik, hiszen Shepard történetének a végéhez értünk, ahol az előző játékokban hozott döntések mind előkerülnek egy minden bizonnyal lenyűgöző finálé keretében. Ezt azonban azok élvezhetik majd teljes egészében, akik az elejétől kezdve követik a sorozatot, de azok is jól szórakoznak majd, akik csak most ugornak fejest a galaktikus háborúba.
A BioWare célja, hogy az újoncok számára ne legyen akadály a történetbe való becsatlakozás, de a veteránok is érezzék, hogy nem hiába őrizték meg a mentéseket, így tehát ők egy gazdagabb sztorit kapnak, olyat, amiben számos érdekesség is előfordul majd.
Maga a történet egyébként -- a háború és a pusztítás mellett -- igyekszik majd Shepardot emberibb oldaláról is bemutatni: az évek során látott megannyi halál, szenvedés és a vég nélküli küzdelem érződik majd hősünkön -- különösen a hangján. Jennifer Hale-től (a női parancsnok) a felvételek során azt kérték, hogy a hanghordozása megcsömörlött legyen, de ne siránkozós.
