A fejlesztés során természetesen sok változáson esett át Claude, míg elérte a végleges változatot, más karakterek azonban már nem voltak ilyen szerencsések. Az egyik eltávolított, de a játékban nyomokban még megtalálható figura Darkel volt. A pletyka szerint ő egy őrül kommunista volt, a valóságba azonban egy őrült csöves, akik mindenféle bolond küldetésekre küldött volna minket, a megjelenést megelőző hónapokban azonban kivágták a végleges termékből, mivel nem volt olyan szórakoztató, mint amilyennek szánták.
Hasonlóan járt El Burro is -- bár itt már egy kicsivel furcsább a magyarázat. Az El Burro karakter eddig mindhárom, Liberty Cityben játszódó epizódban helyet kapott, ám csak az első részben látható életnagyságban, a III-ban pusztán telefonon keresztül beszélhetünk vele, a IV-ben pedig már csak egy graffiti formájában jelenik meg. A későbbi, egyre passzívabb szereplésének az az oka, hogy a Rockstar a két- és a háromdimenziós, illetve a HD-felbontású epizódokat külön univerzumként kezeli, s ahhoz a szabályhoz igazodnak, hogy ezen világok között nincs átjárás -- eltekintve persze néhány kivételtől.
A másik dolog, ami nagyon érdekelte a játékosokat, az a szeptember 11-i eseményekkel kapcsolatos változtatások. Megtudtuk, hogy a támadás után nem kellett sokat kivágni a programból, s a meglévő tartalmak csupán 1%-át kellett módosítani. Az egyetlen eltávolításra került küldetés az, amelyikben szóba kerülnek a terroristák, a változtatások pedig leginkább kozmetikai jellegűek: más a rendőrök egyenruhája és az autóik festése, eltűnt pár párbeszéd és rádiós szöveg, illetve az amerikai borító is változott. Sőt mi több, a Dodo nem a tragédia után vesztette el a repülés képességét, hanem már a fejlesztés elejétől a földhöz volt ragadva, a Rockstar ugyanis a gyalogos- és autós játékmenetre koncentrált.
További érdekesség még, hogy a játék legelején látható, a bankrablásnak, majd az árulásnak helyet adó városrész eredetileg felkereshető lett volna Liberty Cityben, de aztán eltávolították (egy moddal el lehet jutni oda). Továbbá a kódok között elrejtve találunk néhány nyomot egy multiplayer módra, amit valóban fontolgattak a fejlesztők, de ebből aztán nem lett semmi. Végül itt egy kis összehasonlítás arról, mekkora a különbség a III és az IV forgatókönyve között:
