A Project Eleában egy Elea Catherine Jones nevű nő bőrébe bújhatunk bele, aki a saját kabinjában ébred a Pilgrimage II nevű űrhajón, aminek mesterséges intelligenciája, Kazumi off-line módban van. Feladatunk megmenteni a hajónkat, kideríteni, mi történt rajta, és rájönni, hogy hová lett a 15 éve eltűnt elődje, a Pilgrimage I. Mindemellett Elea...