A Midnight Animal pár évtizeddel a Hotline Miami 2 eseményei utánra helyezi a cselekményt, egy olyan világba, ahol az Illuminati-szerű Fifty Blessings nevű szervezet vette át az irányítást az Egyesült Államok felett, és folyamatos merényletekkel rettegésben tartja az ország népességét. A játék során a Fifty Blessings egyik ágazatának főnökét...