A kalandunkat, ahogy azt már megszokhattunk, ismét egy rádióadás indítja útjára, ami ezúttal egy nemrég lezuhant űrhajóról érkezik, ám amikor jóhiszeműen — na meg a kíváncsiságtól hajtva — a helyszínre érkezünk, a Föld körül keringő anyahajó felsugároz minket a fedélzetére. A feladatunk az lesz, hogy a hajón ragadt társaink segítségével eljussunk az űrkomplexum központjába, és megakadályozzuk az idegeneket, hogy rátámadjanak a gyanútlan földlakókra.
Küldetésünk során számos új és érdekes fegyver lesz a segítségünkre, például az Alien Atomizer, az Alien Disintegrator, vagy a Drone Cannon, de új ruhákat is kapunk, többek között egy Gemini űrruhát, illetve egy igazi szamurájhacukát.
A Fallout 3: Mothership Zeta augusztus 3-án fog megjelenni PC-re és Xbox 360-ra, az ára pedig 800 MS pont, azaz 10 dollár lesz.