- A játék végre korrektül támogatja a széles képernyős monitorokat.
- Hozzáadva a következő gén-tonikok és plazmidok: Sonic Boom, Sonic Boom 2, Eve Saver, Machine Buster, Machine Buster 2, Vending Expert, Vending Expert 2.
- A Vita-Chamberek lekapcsolhatok, ezzel a nehézségi szintet lehet növelni.
- Hozzáadva a "sétálás/futás" váltógomb.
- Javítva néhány egérprecizitási probléma.
- Néhány billentyűnél, ha megváltoztattad, nem lehetett visszaállítani az eredeti kiosztást; javítva.
- Újra hozzádva a Human Inferno tonic
- Az elcsúszó, illetve rosszul olvasható feliratok kijavítva.
- A Matrox-féle TripleHead2Go támogatás hozzáadva.
- Atlas hangja felerősítve a germán verzióban.
- A fagyások, és a szaggatások kijavítva a különböző képernyőknél (pl. a hackelős minijáték).
- Javítva a hibás hangok Vista alatt.
- Javítva a hiba, amely miatt a karakter még halál után is üvöltött.
- Javítva az ATi kártyák megjelenítési hibái, például a nem látszó vér.
- Az EAX bekapcsolásának lehetőségét nem lehet kiválasztani, ha a játék nem érzékel ilyen hardvert a gépben.
- Javítva az inkorrekt gyakorlószövegek, amelyek az első bot meghekkelésénél, illetve az első Mimicre lövéskor jelentkezik.
- DX10 módban a frame rate 60 Hz-re belőve, ugyanitt a VSync kikapcsolási lehetősége is fixálva.
