A Ni no Kuni 2 főszereplője Evan Pettiwhisker Tildrum, az első részből megismert város, Ding Dong Bell törvényes gyermekkirálya, akit azonban megfosztanak trónjától, ezért barátaival - köztük a másik világból érkező Rolanddal - útra kel, hogy visszaszerezze királyságát.